Die Weißflügelseeschwalbe ist der Trauerseeschwalbe sehr ähnlich. Sie hat aber ein schwarzes Schultergefieder, das sich deutlich vom sonst helleren Flügel abgrenzt. Der Kopf ist etwas rundlicher, der Schnabel ist kürzer und gedrungener und die Beine sind dunkelrot. Der Schwanz ist weniger gegabelt. Insgesamt hat die Weißflügelseeschwalbe mehr Schwarz im Gefieder, auch am Rücken ist sie dunkel gefärbt. Die Weißflügelseeschwalbe ruft "Kwe-rek" oder "Kreck".

Weißflügelseeschwalben gesellen sich auf dem Vogelzug gerne unter die Trauerseeschwalben. Wie diese brüten sie in Kolonien und bauen ihre Nester schwimmend auf dem Wasser an stark bewachsenen Binnenseen. In Deutschland gibt es einen Brutbestand im Nationalpark Unteres Odertal. Die europäischen Populationen suchen ihr Winterquartier in Südafrika.